• 办公室（科技信息动员办公室）2021-08-17
• 战略规划与政策法规处（执法监督处）2021-08-17
• 科研院所服务处（安全保卫处）2021-08-17
• 资源配置与管理处（重大项目办公室）2021-08-17
• 科技金融处2021-09-02
• 科技监督与诚信建设处（审计处、政务服务处）2021-09-02
• 基础研究处（实验动物管理办公室）2021-11-12
• 高新技术处2021-11-18
• 社会发展与农村科技处2021-11-18
• 生物医药处2021-11-12
• 科技成果与技术市场处2021-08-17
• 区域创新处2021-08-17
• 网络安全和信息化办公室2021-08-17
• 引智育才工作处2021-11-18
• 合作交流处（港澳台办公室）2021-08-17
• 干部人事处2021-08-17
• 党群工作处2021-11-18
• 机关党委办公室（与统战处合署办公）2021-09-02
• 离退休干部处2021-08-17