• 办公室（科技信息动员办公室）588329992021-01-11
• 战略规划与政策法规处（执法监督处）588329912020-08-30
• 科研院所服务处（安全保卫处）588329282020-09-16
• 资源配置与管理处（重大项目办公室）588329662021-01-11
• 科技金融处588329192021-01-11
• 科技监督与诚信建设处（审计处、政务服务处）583267052021-01-11
• 基础研究处（实验动物管理办公室）588329822020-08-30
• 高新技术处588329712020-10-28
• 社会发展与农村科技处588329872020-08-30
• 生物医药处 588329752020-08-30
• 科技成果与技术市场处588329622020-10-28
• 区域创新处588329262020-09-16
• 网络安全和信息化办公室583267062020-08-30
• 引智育才工作处836052832020-08-30
• 合作交流处（港澳台办公室）588329932020-08-30
• 干部人事处588329052020-08-30
• 党群工作处588328562020-08-30
• 机关党委办公室（与统战处合署办公）836090562020-10-28
• 离退休干部处836072692020-09-16